Produkter

Patogena molekylära vägar i cirrhotiska leversjukdomar såsom hepatit C-virus (HCV), autoimmun hepatit (AIH) och primär biliär cirros (PBC) är dåligt karakteriserade.Differentiellt uttryckta gener är ofta viktiga vid sjukdomspatogenes.Undertryckande subtraktiv hybridisering (SSH) är ett genomomfattande tillvägagångssätt som berikar för differentiellt uttryckta mRNA-transkript.Vi syftade till att göra nya observationer av differentiellt genuttryck i cirros med hjälp av SSH kombinerat med kvantitativ realtid omvänd transkriptaspolymeraskedjereaktion (RT-PCR).Levertranskriptom vid HCV-cirros, AIH-cirros, PBC och icke-sjuk levervävnad undersöktes med SSH.Resulterande komplementära DNA (cDNA)-kloner screenades om för differentiellt uttryck genom dot-blot-hybridisering och sekvenserades sedan.Utvald genuttryck kvantifierades med realtids-RT-PCR.Efter SSH screenades 694 kloner om för differentiellt genuttryck, varav 145 sekvenserades och visade sig härröra från 89 olika gener.Sju kloner var homologa endast med uttryckta sekvenstaggar (EST)-sekvenser som kodade för gener utan känd funktion.Uppreglerat uttryck av fyra gener bekräftades av RT-PCR i realtid: transmembran 4 superfamiljmedlem 3 (tetraspanin CO-029) i alla former av cirros, hedgehog interacting protein (HIP) i AIH cirrhosis och kitinas 3-like-1 (HC gp-39 eller ykl-40) och arginin-glutaminsyraupprepning (RERE) vid HCV-cirros.RERE-genpolymorfismer och splitsningsvarianter observerades i alla undersökta vävnader.Tetraspanin CO-029 uppreglering var primärt lokaliserad till gallgångsceller.Sammanfattningsvis gjordes nya observationer av differentiellt genuttryck i human cirros med hjälp av SSH som det primära upptäcktsverktyget.I synnerhet är ytterligare studier av RERE-genen och dess produkter vid HCV-associerad leversjukdom motiverade.