Produkter

Vi har nyligen rapporterat att pyrennukleotid företrädesvis sätts in mittemot ett abasiskt ställe, 3'-T av en tymindimer och de flesta oskadade baserna av jäst-DNA-polymeras eta (pol eta).Eftersom pyren är en opolär molekyl utan H-bindningsförmåga, tillskrivs den ovanligt höga effektiviteten av dPMP-insättning dess överlägsna basstaplingsförmåga och understryker vikten av basstapling vid valet av nukleotider med pol eta.För att undersöka rollen av H-bindning och baspargeometri i valet av nukleotider genom pol eta, bestämde vi insättningseffektiviteten för de basmodifierade nukleotiderna 2,6-diaminopurin, 2-aminopurin, 6-klorpurin och inosin som skulle gör olika antal H-bindningar med mallbasen beroende på basparets geometri.Watson-Crick-basparning verkar spela en viktig roll i valet av nukleotidanaloger för insättning mittemot C och T, vilket framgår av minskningen av den relativa insättningseffektiviteten med en minskning av antalet Watson-Crick H-bindningar och en ökning av antalet donator-donator- och acceptor-acceptor-interaktioner.Selektiviteten för nukleotidinsättning är större mitt emot 5'-T än ​​3'-T för tymindimeren, i enlighet med tidigare arbete som tyder på att 5'-T hålls styvare än 3'-T.Dessutom tycks insättning av A mittemot båda T för dimeren förmedlas av Watson-Crick basparning och inte av Hoogsteen basparning baserat på de nästan identiska insättningseffektiviteterna för A och 7-deaza-A, av vilka den senare saknar H- bindningsförmåga vid N7.De relativa effektiviteterna för insättning av nukleotider som kan bilda Watson-Crick-baspar är parallella med de för Klenow-fragmentet, medan Klenow-fragmentet mer starkt diskriminerar mot felparningar, i enlighet med dess större formselektivitet.Dessa resultat understryker vikten av H-bindning och Watson-Crick baspargeometri vid valet av nukleotider av både pol eta och Klen ow-fragmentet, och den mindre roll som formselektion har vid insättning av pol eta på grund av dess mer öppna och mindre begränsad aktiv plats.