Produkter

Membrantopologin för kolicin El-kanaldomänen studerades genom fluorescensresonansenergiöverföring (FRET).FRET involverade en genetiskt kodad fluorescerande aminosyra (kumarin) som donator och en selektivt märkt cysteinrest bunden med DABMI (4-(dimetylamino)fenylazofenyl-4'-maleimid) som FRET-acceptor.Den fluorescerande kumarinresten inkorporerades i proteinet via ett ortogonalt tRNA/aminoacyl-tRNA-syntetaspar som möjliggjorde selektiv inkorporering i vilket ställe som helst inom kolicinkanaldomänen.Varje variant innehöll en stopp (TAG) mutation för kumarininkorporering och en cystein (TGT) mutation för DABMI vidhäftning.Sex interheliska avstånd inom spiralerna 1-6 bestämdes med användning av FRET-analys för både de lösliga och membranbundna tillstånden.FRET-data visade stora förändringar i de interheliska avstånden mellan spiralerna 3-6 efter membranassociation, vilket gav ny insikt i kanaldomänens membranbundna struktur.I allmänhet minskade kumarin-DABMI FRET interheliska effektiviteten vid membranbindning, vilket bygger på paraplymodellen för kolicinkanalen.En preliminär modell för kanaldomänens stängda tillstånd utvecklades baserat på aktuella och tidigare publicerade FRET-data.Modellen föreslår cirkulärt arrangemang av spiralerna 1-7 i medurs riktning från den extracellulära sidan och membrangränsytans association av spiralerna 1, 6, 7 och 10 runt den centrala transmembrana hårnålen som bildas av spiralerna 8 och 9.